Covid-19 : parfois la RT-PCR est négative mais le scanner ne l’est pas !

Le diagnostic positif du Covid-19 repose sur l’identification du SARS-CoV-2 par RT-PCR au sein de prélèvements habituellement effectués par écouvillonnage au niveau du nasopharynx. Cette méthode sert de « gold standard » en dépit de performances diagnostiques qui sont loin d’être optimales, conditionnées notamment par la qualité du prélèvement et de son transport mais aussi par les caractéristiques des kits, toutes n’étant pas égales. Pour toutes ces raisons, la sensibilité de cette approche est des plus variables avec des valeurs comprises entre 30 % et 60 % selon les séries et le stade de la maladie.

D’aussi piètres performances incitent à renouveler le test quand la probabilité d’un faux-négatif semble élevée ou à se tourner vers d’autres méthodes diagnostiques en fonction du contexte. Le scanner thoracique fait partie de ces options, tout au moins dans les formes relativement sévères et en tout cas cliniquement patentes du Covid-19, notamment quand une hospitalisation est envisagée. Cette imagerie peut en effet révéler des aspects sinon spécifiques du moins évocateurs à type d’opacités en verre dépoli plurifocales ou de foyers de consolidation associés, volontiers bilatéraux et périphériques… alors même que la RT-PCR est bel et bien négative.

Sensibilité élevée du scanner

Une étude transversale et longitudinale réalisée à Wuhan (Chine), entre le 6 janvier et le 6 février 2020 a comparé les deux moyens diagnostiques chez 1 014 patients (âge moyen, 51 ± 15 ans ; sexe masculin : 46 %) soupçonnés d’être atteints de Covid-19. Les images tomodensitométriques ont été interprétées par deux radiologues expérimentés qui n’avaient pas connaissance des résultats du test biologique mais avaient accès aux données épidémiologiques et cliniques. Les signes suivants ont été pris en compte pour poser un diagnostic positif : opacités en verre dépoli, foyers de consolidation, épaississement ou réticulation des septa interlobulaires ainsi que distribution des lésions (uni- ou bilatérales).

La RT-PCR s’est avérée positive chez 601 patients (59 %), alors que le diagnostic a été posé sur le scanner thoracique dans 88 % des cas (888/1014). La sensibilité de ce dernier a été estimée à 97 % (intervalle de confiance à 95 % IC95%, 95-98 %), versus la RT-PCR en tant que référence. Dans le sous-groupe caractérisé par une RT-PCR négative, le scanner thoracique s’est avéré positif dans 75 % des cas (308/413) : près d’une fois sur deux (48 %), le diagnostic de Covid-19 était hautement probable et vraisemblable une fois sur trois (33 %).

Un intérêt pour le suivi des patients

Une analyse complémentaire a porté sur les examens répétés après les explorations initiales. Il apparaît que le délai moyen entre une première RT-PCR négative et un résultat positif est de 5,1 ± 1,5 jours tandis que le délai moyen avant la négativation d’une première RT-PCR positive est de 6,9±2,3 jours. Dans 60 % à 93 % des cas, le scanner thoracique était en faveur du diagnostic de Covid-19, avant -ou en même temps- que la RT-PCR ne devienne positive. Les images pulmonaires se sont améliorées près d’une fois sur deux (42 % ; 24/57) avant que le dosage biologique ne se négative. L’intérêt du scanner dans le suivi doit cependant être précisé compte tenu de la faiblesse de l’effectif étudié (n=57).

Cette étude qui porte sur plus de 1 000 patients souligne la haute sensibilité (88 % à 97 %, selon le mode de calcul) du scanner thoracique dans le diagnostic positif du Covid-19. Dans ces conditions, face à une forme sévère de la maladie, cet examen dont les résultats sont immédiats mérite d’être utilisé en première intention parallèlement à la RT-PCR dont les résultats sont à la fois plus tardifs et… plus aléatoires. Les performances du scanner ont peut-être été quelque peu surestimées compte tenu… du nombre élevé de faux-négatifs de la RT-PCR initiale. La stratégie doit in fine tenir compte de la probabilité plus ou moins élevée du diagnostic a priori et des infrastructures locales, notamment l’accès au scanner.

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